1959年交通部在上海組建上海海運(yùn)學(xué)院，航海系、輪機(jī)系孕育而生。1995年4月，因?qū)W校進(jìn)行教學(xué)資源優(yōu)化與改革，將原航海系、輪機(jī)系合并成立了商船學(xué)院。學(xué)院經(jīng)過(guò)二十多年的發(fā)展，現(xiàn)設(shè)有院辦公室、航海技術(shù)系、輪機(jī)工程系、學(xué)生工作部、資料室等教學(xué)運(yùn)行機(jī)構(gòu)，同時(shí)還設(shè)有國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、國(guó)家級(jí)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、航運(yùn)仿真技術(shù)教育部工程研究中心、智能海事搜救與水下機(jī)器人上海市工程中心（共享）、航海科學(xué)研究所、中法聯(lián)合伽利略系統(tǒng)與海上安全智能交通研究所、上海海事大學(xué)國(guó)際海事研究中心、上海海事大學(xué)-挪威船級(jí)社國(guó)際合作中心、上海海事大學(xué)海洋環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)研究與評(píng)估中心、船舶控制工程研究所、中華人民共和國(guó)海事調(diào)查實(shí)驗(yàn)室、上海海事大學(xué)全球航行狀況研究中心、上海海事大學(xué)船舶動(dòng)力工程研究所等教學(xué)協(xié)作與科研學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)。

　　目前，商船學(xué)院現(xiàn)設(shè)有交通運(yùn)輸工程、船舶與海洋工程2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)。其中包括交通信息工程及控制、載運(yùn)工具運(yùn)用工程、輪機(jī)工程、船舶與海洋結(jié)構(gòu)物設(shè)計(jì)制造等4個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)。設(shè)有動(dòng)力工程及工程熱物理、船舶與海洋工程、交通運(yùn)輸工程3個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。其中包括工程熱物理、熱能工程、動(dòng)力機(jī)械及工程、制冷及低溫工程、交通信息工程及控制、載運(yùn)工具運(yùn)用工程、輪機(jī)工程、船舶與海洋結(jié)構(gòu)物設(shè)計(jì)制造等8個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。設(shè)有交通運(yùn)輸工程、船舶與海洋工程等2個(gè)專業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)。同時(shí)，載運(yùn)工具運(yùn)用工程為上海市重點(diǎn)學(xué)科，輪機(jī)工程為上海市教委重點(diǎn)學(xué)科。

　　航海類特色專業(yè)招收與培養(yǎng)保持長(zhǎng)期穩(wěn)定。學(xué)院每年招收航海技術(shù)專業(yè)本科生10個(gè)班（每班約35人，以下同）、輪機(jī)工程專業(yè)本科生8個(gè)班、船舶電子電氣工程專業(yè)2個(gè)班，能源與動(dòng)力工程專業(yè)3個(gè)班。

　　目前，學(xué)院有教職工236人，其中專職教師168人（其中航海91人+輪機(jī)77人）、實(shí)驗(yàn)員40人、思政教師16人、行政人員7人、專職科研和研究中心等機(jī)構(gòu)人員5人。在專職教師中教授28人（其中航海16人+輪機(jī)12人）、副教授57人（航海28人+輪機(jī)29人），高級(jí)工程師或高級(jí)實(shí)驗(yàn)師6人；具有博士學(xué)位85人，具有碩士學(xué)位及在讀博士生110余人；持有海船船長(zhǎng)證書25人，大副證書8人，輪機(jī)長(zhǎng)證書18人，大管輪證書5人。航海類專業(yè)教師涉及雙師型人員137人（總計(jì)189人）占比約70%。

　　商船學(xué)院國(guó)際交流與合作項(xiàng)目日益擴(kuò)大和深入，極大促進(jìn)了學(xué)院的國(guó)際化辦學(xué)水平。近年來(lái)，有來(lái)自IMO（國(guó)際海事組織）、美國(guó)麻省海事學(xué)院、美國(guó)圣地亞哥海事學(xué)院等不同國(guó)家的外籍專家、教師來(lái)院進(jìn)行短期講學(xué)；目前，學(xué)院與美國(guó)麻省海事學(xué)院、丹麥哥本哈根輪機(jī)工程學(xué)院、日本東京海洋大學(xué)、臺(tái)灣海洋大學(xué)、韓國(guó)木浦海洋大學(xué)等知名院校建立了良好的定期互派各類專業(yè)的國(guó)際交流留學(xué)生互訪、學(xué)習(xí)的穩(wěn)定合作關(guān)系。