根據(jù)中央建設(shè)創(chuàng)新型國家的總體戰(zhàn)略目標(biāo)和國家中長期科技發(fā)展規(guī)劃綱要，結(jié)合中國科學(xué)院科技布局調(diào)整的要求，圍繞深圳市實施創(chuàng)新型城市戰(zhàn)略，2006年2月，中國科學(xué)院、深圳市人民政府及香港中文大學(xué)友好協(xié)商，在深圳市共同建立中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院（以下簡稱“深圳先進(jìn)院”），實行理事會管理，探索體制機(jī)制創(chuàng)新。

　　經(jīng)過十三年發(fā)展，深圳先進(jìn)院目前已初步構(gòu)建了以科研為主的集科研、教育、產(chǎn)業(yè)、資本為一體的微型協(xié)同創(chuàng)新生態(tài)系統(tǒng)，由九個研究平臺（中國科學(xué)院香港中文大學(xué)深圳先進(jìn)集成技術(shù)研究所、生物醫(yī)學(xué)與健康工程研究所、先進(jìn)計算與數(shù)字工程研究所、生物醫(yī)藥與技術(shù)研究所、廣州中國科學(xué)院先進(jìn)技術(shù)研究所、腦認(rèn)知與腦疾病研究所、合成生物學(xué)研究所、先進(jìn)材料科學(xué)與工程研究所（籌）、前瞻性科學(xué)與技術(shù)中心），國科大深圳先進(jìn)技術(shù)學(xué)院，多個特色產(chǎn)業(yè)育成基地（深圳龍華、平湖及上海嘉定）、多支產(chǎn)業(yè)發(fā)展基金、多個具有獨立法人資質(zhì)的新型專業(yè)科研機(jī)構(gòu)（深圳創(chuàng)新設(shè)計研究院、深圳北斗應(yīng)用技術(shù)研究院、中科創(chuàng)客學(xué)院、濟(jì)寧中科先進(jìn)技術(shù)研究院、天津中科先進(jìn)技術(shù)研究院、珠海中科先進(jìn)技術(shù)研究院、蘇州先進(jìn)技術(shù)研究院、杭州先進(jìn)技術(shù)研究院、武漢中科先進(jìn)技術(shù)研究院、山東中科先進(jìn)技術(shù)研究院）等組成。2018年，深圳先進(jìn)院獲批牽頭建設(shè)深圳市兩大重大科技基礎(chǔ)設(shè)施：腦解析與腦模擬、合成生物研究，并于2019年在光明科學(xué)城破土動工；牽頭建設(shè)的深圳先進(jìn)電子材料國際創(chuàng)新研究院、深圳市合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院、深港腦科學(xué)創(chuàng)新研究院三大基礎(chǔ)研究機(jī)構(gòu)均已在2019年正式揭牌成立。

　　2018年11月16日，深圳市人民政府與中國科學(xué)院在深簽署《合作共建中國科學(xué)院深圳理工大學(xué)協(xié)議書》，依托深圳先進(jìn)院及中科院在粵科研力量建設(shè)中國科學(xué)院深圳理工大學(xué)（暫定名，簡稱中科院深理工）。深圳先進(jìn)院將抓住粵港澳大灣區(qū)和中國特色社會主義先行示范區(qū)“雙區(qū)驅(qū)動”的建設(shè)機(jī)遇，在改革熱土上孜孜探索體制機(jī)制創(chuàng)新，不斷沖擊國際科學(xué)前沿，前瞻布局戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)，不斷多方位促進(jìn)科教融合和創(chuàng)新發(fā)展。