為深入學習貫徹落實黨的十七大精神和2008年高校思想政治理論課工作會議精神，全面推進教育事業科學發展，充分發揮思想政治理論作為大學生思想政治教育主渠道的作用，切實加強思想政治理論課教師隊伍建設，2008年11月經黨委研究決定，成立由直屬學校黨委領導的馬克思主義學院。

　　2009年1月12日馬克思主義學院舉行了掛牌儀式。馬克思主義學院下設馬克思主義基本原理、馬克思主義中國化研究、中國近現代史基本問題、思想政治教育、新疆歷史與民族宗教理論政策5個教研室，既是思想政治理論課教學部門和馬克思主義理論研究機構，又是馬克思主義理論學科點的依托單位。該院現設三個研究生專業:馬克思主義中國化研究、思想政治教育、馬克思主義基本原理。新疆師范大學新成立的馬克思主義學院在自治區高校尚屬首家，馬克思主義學院的成立，將進一步強化馬克思主義在高校的指導地位及其主流價值，是新疆師范大學進一步加強和改進大學生思想政治教育工作，規范思想政治理論課教師隊伍建設，加快學校馬克思主義理論研究和建設工程的一項重要舉措。

　　馬克思主義理論一級學科，設置于"法學"門類內，下設六個二級學科，即:馬克思主義基本原理、馬克思主義發展史、馬克思主義中國化研究、國外馬克思主義研究、思想政治教育、中國近現代史基本問題研究。馬克思主義理論學科及其所屬二級學科的方向設計，既要區別于原來的馬克思主義理論與思想政治教育學科，也要區別于馬克思主義哲學、政治經濟學、科學社會主義等相關學科。為此，根據該院實際，確立了三個二級學科的研究方向及特色。1、馬克思主義基本原理:兼具馬克思主義基本原理研究和相關教育實踐研究。其主要特色為:(1)馬克思主義基本原理研究。(2)馬克思主義理論教育規律與方法研究。2、馬克思主義中國化研究:兼具馬克思主義中國化理論研究和相關教育研究兩部分內容，其主要特色是:(1)中國化馬克思主義理論與發展研究。(2)中國化馬克思主義理論教育研究。3、思想政治教育:(1)少數民族地區思想政治教育規律與方法研究(2)少數民族地區思想政治教育理論與實踐研究。