沙漠治理學(xué)院成立于2016年6月3日，其淵源可追溯至1960年在原內(nèi)蒙古林學(xué)院成立的中國第一個沙漠治理專業(yè)和1983年成立的水土保持專業(yè)。1997年水土保持專業(yè)土地規(guī)劃與管理專業(yè)方向招生，1999年設(shè)立土地資源管理專業(yè)。2001年設(shè)立資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理專業(yè)，2013年調(diào)整為人文地理與城鄉(xiāng)規(guī)劃專業(yè)。2020年土地資源管理專業(yè)土地整治工程專業(yè)方向招生，2021年設(shè)立土地整治工程專業(yè)。

學(xué)院現(xiàn)有教職工65人，其中專任教師52人；教授13人，副教授20人；具有博士學(xué)位的專任教師44人，碩士學(xué)位8人；博士研究生導(dǎo)師11人，碩士研究生導(dǎo)師32人。獲批“水土保持與荒漠化防治”自治區(qū)教學(xué)團(tuán)隊，“防沙治沙”自治區(qū)科技創(chuàng)新團(tuán)隊，“黃河流域多沙粗沙區(qū)生態(tài)修復(fù)理論與技術(shù)”自治區(qū)科技創(chuàng)新團(tuán)隊。在校生1450人，其中，本科生1181人，碩士研究生236人，博士研究生33人。

學(xué)院下設(shè)沙漠治理與水土保持系、土地資源管理系、土地整治工程系3個專業(yè)教學(xué)機(jī)構(gòu)和1個本科實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，現(xiàn)有水土保持與荒漠化防治、土地資源管理、土地整治工程3個本科專業(yè)。其中，水土保持與荒漠化防治專業(yè)為自治區(qū)品牌專業(yè)（2005年），自治區(qū)重點(diǎn)建設(shè)專業(yè)，2019年獲批國家一流本科建設(shè)專業(yè)。《治沙原理與技術(shù)》是自治區(qū)精品課程（2005年）和國家精品課程（2007年）。

水土保持與荒漠化防治學(xué)科是一級學(xué)科，國家重點(diǎn)（培育）學(xué)科（2008年）、國家林業(yè)和草原局重點(diǎn)學(xué)科（2006年）、自治區(qū)重點(diǎn)學(xué)科（1985年），具有博士（2000年）、碩士（1984年）學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。土地資源管理學(xué)科具有碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)（2006年）。學(xué)院設(shè)有林學(xué)一級學(xué)科博士后流動站（2006年）和林業(yè)專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。

學(xué)院建有沙地生物資源保護(hù)與培育國家林業(yè)和草原局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（1995年）、內(nèi)蒙古自治區(qū)風(fēng)沙物理與防沙治沙工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（2015年）、內(nèi)蒙古杭錦荒漠生態(tài)系統(tǒng)國家定位觀測研究站（2015年）、國家林業(yè)和草原局文冠果工程技術(shù)研究中心（2016年）、荒漠生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與修復(fù)國家林業(yè)和草原局重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（2018年），與中國林業(yè)科學(xué)研究院沙漠林業(yè)實(shí)驗(yàn)中心共建“國家林業(yè)草原防沙治沙工程技術(shù)研究中心”（2021年）。2008年財政部批準(zhǔn)建設(shè)中央與地方共建高校特色優(yōu)勢學(xué)科“風(fēng)沙物理學(xué)”重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)沙漠治理研究所（1983年）掛靠在沙漠治理學(xué)院，主辦國家中文核心期刊《干旱區(qū)資源與環(huán)境》（1986年）。

學(xué)院設(shè)沙地植物資源研究中心、國土整治與利用研究中心、碳匯計量與評估中心三個院級研究機(jī)構(gòu)。在巴彥淖爾市磴口縣中國林業(yè)科學(xué)研究院沙漠林業(yè)實(shí)驗(yàn)中心（2005年）、鄂爾多斯市準(zhǔn)格爾旗（2016年）、包頭市利嘉置業(yè)有限公司（2017年）、內(nèi)蒙古中元建筑規(guī)劃設(shè)計有限公司（2018年）、國能神東煤炭生態(tài)環(huán)境管理中心（2021年）建有5個“內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)實(shí)踐教學(xué)基地”。

經(jīng)過60多年的建設(shè)發(fā)展及幾代教師的學(xué)術(shù)傳承和不斷開拓，學(xué)院已形成具有本科、碩士研究生、博士研究生、博士后完整的人才培養(yǎng)層次，為國家培養(yǎng)了近7000名合格人才。

學(xué)院在荒漠化防治、沙區(qū)植物資源保護(hù)與利用、沙產(chǎn)業(yè)開發(fā)、礦區(qū)生態(tài)恢復(fù)、水土保持與水土資源利用、國土整治與保護(hù)、村鎮(zhèn)規(guī)劃與景觀配置等方面形成了自己的特色和優(yōu)勢。水土保持與荒漠化防治學(xué)科已體現(xiàn)出明顯的區(qū)位優(yōu)勢、資源優(yōu)勢和人才優(yōu)勢及民族特色、文化特色，在國內(nèi)同類學(xué)科中處于前列，在國際上有重要影響。

“十三五”以來，學(xué)院承擔(dān)國家重點(diǎn)研發(fā)、國家科技支撐、國家基金和省部級科技縱向課題100余項，累計經(jīng)費(fèi)1.4億余元；承擔(dān)橫向課題20余項，經(jīng)費(fèi)1500余萬元。形成可降解纖維PLA（聚乳酸纖維）沙障治沙技術(shù)和臭柏生態(tài)學(xué)特性研究及造林技術(shù)等為代表的系列成果。獲得內(nèi)蒙古自治區(qū)科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎2項、二等獎3項、三等獎2項，甘肅省科技進(jìn)步一等獎1項，其它省部級獎勵10余項；獲批授權(quán)專利60余項；頒布國家、地方標(biāo)準(zhǔn)2項；發(fā)表科研論文400余篇，出版著作20余部。

中國治沙暨沙業(yè)學(xué)會沙區(qū)植物資源保護(hù)與利用專業(yè)委員會、中國水土保持學(xué)會風(fēng)蝕防治專業(yè)委員會、內(nèi)蒙古沙漠學(xué)會掛靠在沙漠治理學(xué)院。