工程物理系目前設有核技術及應用、技術 物理、核能科學與工程管理、安全科學與技術、醫學物理與工程、近代物理6個研究所。 覆蓋核科學與技術、安全科學與工程、物理學3個一級學科，其中，核科學與技術一級學科是清華大學的傳統優勢學科，2003、2008、2013 年連續三次在全國一級學科評估中排名第一，2017 年第四次全國一級學科評估等級為 A+。

工程物理系堅持“理工結合、又紅又專”的人才培養理念，以培養輸送大批高素質、高質量、具有國際化視野的核領域卓越人才為目標，不斷改革創新人才培養模式，在校生總體保持在1300余人的規模，其中，本科生600余人，研究生700 余人。工程物理系在編教職工108人，其中具有正高級職稱38人，副高級職稱53人，擁 有一支包括院士以及各類國家級人才支持計劃入選者為代表的高水平師資隊伍。

工程物理系承擔和完成了一大批國家重大、重點科研項目，同時積極聯合企事業單位開展合作研究。自2004年以來，年度科研經費均超過億元，近5年來，年度科研經費均超過2億元。工程物理系取得了一系列重大科技獎勵，近二十年來，工程物理系以第一完成單位榮獲各級各類科技獎勵20余項，包括國家科學技術進步獎（創新團隊）（2013年），國家技術發明獎一等獎（2010年），國家科學技術進步獎一等獎兩項（2003 年、2010 年）。

工程物理系堅持產教融合、服務國家和 社會發展戰略，積極探索產學研一體的技術 創新體制機制，在安全檢測技術、公共安全應急技術、核醫學影像技術方面成功實現了成果轉化。以科技創新引領安全檢測、安全 應急新興行業產業發展，走出了一條新時期“創新報國”的寬廣道路，為保障國家安全、 促進國民經濟發展做出了重大貢獻。