1979年，學校成立系統工程系（自動化系）和系統工程研究所，這是國內最早成立的系統科學與系統工程的教學與科研機構。著名科學家錢學森專程到校考察系統工程本科專業學生培養工作，并在系統工程研究所成立大會上發表講話。同年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。

1981年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班。1983年，美國《華爾街日報》發表專題報道，認為“此舉開創了中國MBA教育的先河”。

1992年，系統工程系和系統工程研究所合并成立系統科學與系統工程學院。1999年，更名為管理學院。2004年，上海醫療器械高等專科學校管理系劃歸管理學院。2005年，由中國科學院系統科學研究所、上海理工大學、北京師范大學合作組建上海系統科學研究院。錢學森親自題詞命名。

學校商學院始建于1988年，淵源可追溯到1921年滬江大學創辦的商業管理系。1996年，商學院與上海機械高等專科學校的管理工程系合并重組成立新的商學院。

2006年，管理學院與商學院、工商管理MBA教育中心合并重組成立新的管理學院。2009年，學校城市建設與環境工程學院交通工程系劃轉至管理學院。

2018年5月，學院正式通過AACSB（The Association to Advance Collegiate Schools of Business,簡稱AACSB）國際認證，學校成為大陸地區第20所、上海市第6所通過AACSB國際認證的大學，也是非教育部高校中首個通過AACSB國際認證的大學，標志著學院進入國際精英商學院序列。2020年12月，學院成為EFMD正式會員。2021年12月，學院正式加入聯合國全球契約組織“責任管理教育原則”（The Principles for Responsible Management Education,簡稱PRME），成為中國（含港澳臺地區）第28所簽署高校。

學院下設10個系和2個中心：信息管理與信息系統系、工業工程系、會計系、工商管理系、公共管理系、財政稅務系、金融系、國際經濟與貿易系、系統科學系、交通系統工程系，專業學位教育中心、高級管理者培訓與發展中心。另設有上海系統科學研究院、上海市工程管理學會、上海市人民政府發展研究中心——上海理工大學“基于互聯網+的上海創新發展”決策咨詢研究基地、中國周邊經濟研究中心、“十四五”上海民政科研基地（民政事業殯葬研究方向）、上海理工大學智慧應急管理學院、上海理工大學智慧城市交通研究院、上海理工大學電子商務發展研究院、上海理工大學滬江產業經濟研究所、上海理工大學區域規劃與交通運輸系統研究所、上海理工大學中小銀行研究中心、上海理工大學財政金融研究院、上海理工大學人機集成聯合研究中心、上海理工大學超網絡研究中心等研究機構。

學院已實現多類型、多層次辦學模式。學科涉及四個學科門類：管理學門類下的管理科學與工程、工商管理、公共管理3個學科；經濟學門類下的應用經濟學1個學科；理學門類下的系統科學1個學科；工學門類下的交通運輸工程、系統工程2個學科。

學院設有12個本科專業：信息管理與信息系統、管理科學、工業工程、工商管理（中美合作）、會計學、公共事業管理、金融學、稅收學、國際經濟與貿易、人工智能、交通工程、系統科學與工程；一級學科博士學位授權點2個：管理科學與工程、系統科學；一級學科碩士學位授權點6個：管理科學與工程、系統科學、應用經濟學、公共管理、工商管理、交通運輸工程；碩士專業學位授權點11個：工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國際商務碩士、金融碩士、會計碩士、稅務碩士、交通運輸碩士、工業工程與管理、項目管理、物流工程與管理；博士后科研流動站2個：管理科學與工程，系統科學。其中系統科學、管理科學與工程是上海市高水平學科，應用經濟學（經濟系統運行與控制）是上海市教委重點學科。在全國高校第四輪學科評估中“系統科學”排名第3，“管理科學與工程”排名第19。在全國第五輪學科評估中，“系統科學”取得歷史性突破，進入國家第一梯隊，“管理科學與工程”繼續保持領先優勢。

目前學院有教職工307人，專任教師232人，其中國務院學科評議組成員2人，國家自然科學基金優秀青年基金1人，教育部高等學校管理科學與工程類專業教指委委員2人，全國優秀教師1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃2人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠育才獎1人，寶鋼優秀教師2人，上海市青年拔尖人才1人，上海市領軍人才2人，上海領軍（海外）3人，上海市教育委員會曙光計劃5人，上海市教育系統首屆科研新星1人，上海市浦江人才計劃15人，上海市育才獎2人，上海市青年科技啟明星計劃2人，上海市晨光計劃2人，上海市揚帆計劃5人，上海市超級博士后3人，科技智庫青年人才計劃2人。全院具有正高級職稱人員34人，副高級職稱103人，具有博士學位236人。

近三年，學院獲批立項國家級項目39項，其中國家自科基金項目29項，國家社科基金項目10項，各類科研項目到款4617萬元；發表A類論文920篇，SCI/SSCI論文538篇；有190多份咨詢報告被全國政協、中辦、中宣部、上海市委市政府等采納，并獲國家領導人、上海市領導等批示；出版專著35部、編著44部；完成發明專利41項；完成軟件著作權35項。

學院現有1個本科中美合作辦學項目。與美國威斯康辛大學、法國布雷斯特商學院、美國新澤西州立羅格斯肯頓商學院、澳大利亞科廷大學、新加坡管理學院簽訂了合作協議，每年邀請大量外籍教師來院為合作辦學項目授課和講學，選派大量學生赴境外學習交流，接收了來自瑞典、德國、美國等國家的國際交流生百余人來院學習。