北京師范大學系統科學學科建設起步早，并具備了突出的特點和優勢。1979年，學校成立了非平衡系統研究所，1985年，創建系統理論專業，開始有目的地投入力量開展系統科學學科建設。三十多年來，北京師范大學系統科學學科已經成為基礎堅實、特點突出、實力雄厚，具有較強競爭力和發展潛力的優勢學科。1990年，我校成為系統理論首批博士學位授權單位；1998年，建立全國首個系統科學博士后流動站；2000年，取得系統科學一級學科博士學位授予權；2001年，系統理論專業被評為系統科學學科中全國唯一的國家重點學科；2003年，系統科學成為北師大"十五"211工程重點建設項目學科并進入2005年啟動的985工程項目建設；2004年，建立復雜性研究中心，在教育部評估中心組織的一級學科評估中，北京師范大學系統科學學科名列全國第一；2007年再一次順利通過了教育部的重點學科評估。2012年1月，系統科學科學在教育部組織的學科評估中，排列全國第二位。2013年4月，我校建立北京師范大學系統科學學院。2017年9月21日，教育部、財政部、國家發展和改革委員會聯合發布《關于公布世界一流大學和一流學科建設高校及建設學科名單的通知》，其中北京師范大學入選國家“世界一流大學”建設A類名單，系統科學學科是北京師范大學入選國家“世界一流學科”建設名單的11個學科之一。