1956年四川農學院由四川大學獨立遷至雅安建院，從四川大學數(shù)、理、化、生等基礎學科抽調部分骨干教師，并接收了一批全國重點大學優(yōu)秀畢業(yè)生，組建數(shù)學、物理、無機及分析化學、有機與生物化學、植物學、動物學等教研室，1960年成立了原子能農業(yè)應用研究室（101研究室）。這些教研室最初分別隸屬于四川農學院農化系、農學系和牧醫(yī)系，1983年底上述教研室從各系分離出來成立四川農學院基礎部。1985年四川農學院更名為四川農業(yè)大學，2003年初在原基礎部的理學學科基礎上組建了四川農業(yè)大學生命科學與理學院。

理學院于2014年3月5日由原生命科學與理學院拆分建立而成。目前設有黨委辦公室、行政辦公室、信息與計算科學系、化學生物學系、應用化學系、應用物理系和成都校區(qū)教學部。有生物資源化學二級學科博士、碩士學位授權點和生物與醫(yī)藥專業(yè)碩士學位點。學院現(xiàn)有專任教師81人（含返聘4人）；教授15人，副教授31人；具有博士學位的教師41人，碩士學位的教師34人；博導6人、碩導35人；省學術與技術帶頭人1人，省學術與技術帶頭人后備人選2人，省“天府峨眉計劃”青年科技人才1人；四川省優(yōu)秀教師1人，四川省師德標兵1人，校教學名師1人，校優(yōu)秀教師標兵1人,獲本科課堂教學質量特等獎教師5人，留學美國、日本、加拿大、新加坡等國教師17人。有在校全日制研究生和本科生1931人，其中博士、碩士研究生167人，本科生1711人。學院的優(yōu)勢學科——化學于2022年進入ESI全球排名前1%，是全校10個進入此排名的學科之一。

學院承擔著全校數(shù)、理、化學科基礎課和化學生物學、應用化學、信息與計算科學3個專業(yè)的專業(yè)課教學任務，現(xiàn)有省級一流本科專業(yè)1個（化學生物學），省級一流課程5門（有機化學實驗、運籌學、大學物理、乙酰苯胺的合成及表征虛擬仿真實驗、無機及分析化學）；設有四川省科技廳基礎條件平臺“特色藥用植物四川省科技資源共享服務平臺”和四川省發(fā)展和改革委員會工程研究中心“四川省中藥材育繁技術工程研究中心”各1個，校級實驗教學示范中心和虛擬仿真實驗教學中心、校級數(shù)學建模指導中心各1個，此外，學院還設有公共實驗平臺、化學與農業(yè)協(xié)同創(chuàng)新中心以更好地支撐教育科研工作的發(fā)展和學生成長成才。

2014年以來，學院承擔國家、省部級及橫向合作科研課題60余項；授權專利110多項；主編、副主編數(shù)、理、化國家級和省部級規(guī)劃教材13部；獲省科技進步二等獎1項，發(fā)表SCI收錄論文300多篇，IF大于10分 35 篇，最高IF=18.027，包括中科院一區(qū)及TOP論文200余篇，ESI高被引論文15篇。

“追求真理，學以致用”。學院始終堅持以學生為本，不斷推進本科人才培養(yǎng)模式改革，以培養(yǎng)學術型、應用型和復合型高素質人才為目標，高度重視學生綜合素質和能力的培養(yǎng)，培養(yǎng)了眾多理論基礎扎實、實踐應用能力強的優(yōu)秀畢業(yè)生。2014年以來，以我院本科生為第一作者、導師為通訊作者在國內外重要學術刊物上發(fā)表SCI收錄論文40余篇，其最高影響因子達10.618；本科學生申報獲準國家級“大學生創(chuàng)新訓練計劃”項目25項、省級23項。學院導師指導本科生在國際大學生數(shù)學建模和全國及省級數(shù)學建模競賽、“挑戰(zhàn)杯”比賽中屢獲佳績。

學院以“教學立院，科研興院”為工作理念，圍繞“穩(wěn)基礎、強專業(yè)、倡科研、承文化”的思路，以人才培養(yǎng)為中心，加強師資隊伍和學科專業(yè)建設，穩(wěn)定提升基礎課教學質量，不斷提高人才培養(yǎng)、科學研究和社會服務能力，努力建設成數(shù)理化各學科協(xié)調發(fā)展、專業(yè)特色突出的學院，為學校的蓬勃發(fā)展和高層次人才培養(yǎng)做出貢獻！