2022年8月，教育部和國務院國資委聯合正式啟動國家卓越工程師學院試點建設。首批國家卓越工程師學院試點牽頭建設單位一共18家，其中高校10家，分別是清華大學、北京航空航天大學、北京理工大學、浙江大學、哈爾濱工業大學、上海交通大學、東南大學、華中科技大學、重慶大學以及西北工業大學，東南大學是江蘇省唯一首批試點牽頭建設單位；同時，中國航天科工集團、中國航空工業集團、中國船舶集團、中國兵器工業集團、中國電子科技集團、中國石油天然氣集團、中國寶武鋼鐵集團、中國信息通信科技集團等8家央企也入選首批試點牽頭建設單位。

學校于2023年6月成立實體化運行的東南大學國家卓越工程師學院（以下簡稱卓工學院）。于東南大學九龍湖校區南側啟用6000平方米辦學載體，為校企聯合培養人才提供實訓實驗計算一體化平臺、校企課程培訓交流場所。組建近20個崗位的管理團隊，負責思政、招生、培養、學位評定、學生管理、科研對接和平臺建設。構建卓工學院的理事會負責制，采用“一校對多企”共建模式，根據國家重大戰略需要以及校企合作基礎設立五大板塊：強電板塊、弱電板塊、機電板塊、土建交板塊、江蘇板塊），首批邀請多家央企、國企和行業龍頭企業共建卓越工程師技術中心，結合東南大學多個工科學院的特色，按照“一院一企一中心”的布局，建設15個校企卓越工程師技術中心。

以“項目制”作為卓越工程師學院的招生、培養基本模式，面向重大工程、緊缺產業、卡脖子技術，根據政府引導和企業出題，學校遴選由院士、國家級高層次人才領銜的校內導師團隊、以及由項目總工、總師、首席等工程人才領銜的校外導師團隊，并拔尖選拔免試研究生、考研優秀生，共同開展有組織的科研技術攻關和人才聯合培養。2023年遴選集成電路、新一代信息通信技術、智慧能源、低碳建造、智慧交通等6個卓工項目，招收129名碩士。2024年遴選新一代人工智能技術、前沿交叉電子材料、電磁空間關鍵技術、毫米波亞毫米波技術等25個項目，招收295名碩士。成熟期卓越工程師培養培養規模達到1500人左右。面向重大需求、圍繞地方產業特色，推進蘇州、無錫、南通卓工專項。設計以“項目制”為基礎的工學交替培養模式，碩士研究生學制三年，在企業科研實踐累計不少于1年；博士研究生學制四年，在企業科研實踐累計不少于2年。統籌本碩博專業課程，聯合企業共同建設涵蓋相關領域的系列專業課程13門；參與教育部“卓工核心課程視頻庫”與“工程類專業學位研究生精品在線課程”建設工作，打造高質量課程體系。以培養工程技術創新創造能力為核心，加快工程碩博士研究生成果評價體系改革。以提高核心技術攻關能力和獨立解決復雜工程技術問題能力為核心，將工程新技術研究、重大工程設計、新產品開發、新裝置研制等作為研究生畢業和學位授予的重要依據。

東南大學依托國家卓越工程師學院建設，培育核心導師團隊，開發核心課程，攻關核心技術，打造卓越工程師培養“樣板間”；實現校企共同招生、共同培養、共同選題、共享成果和師資互通、課程打通、平臺融通、政策暢通的“四共”“四通”機制，做實產教融合人才培養共同體，探索形成工程碩博士有組織聯合培養的新范式。未來將建成具有中國特色、世界一流的國家卓越工程師學院。