1979年上海交大建立了生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)，是全國最早建立生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的大學(xué)之一，1981年獲碩士學(xué)位授予權(quán)，1990年獲博士學(xué)位授予權(quán)，1998年建立博士后流動(dòng)站，2002年被評(píng)為國家重點(diǎn)學(xué)科。四十多年來，上海交大生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的工作者們以“敢為人先，追求卓越”的精神作為指引，在科研、教學(xué)、產(chǎn)品研發(fā)等領(lǐng)域取得了一系列卓越的成就，在2004、2008年、2012年、2016年國家一級(jí)學(xué)科評(píng)比中一直名列前三名。2015年，上海交大生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)成為上海交大入選“上海高峰高原學(xué)科”（I類）的四個(gè)專業(yè)之一。

　　2005年上海交大與原上海原第二醫(yī)科大學(xué)“強(qiáng)-強(qiáng)”合并后，將大力發(fā)展醫(yī)-工（理）交叉科學(xué)作為主要戰(zhàn)略之一。 而Med-X研究院于2007年11月的成立，就是這一主戰(zhàn)略的一個(gè)關(guān)鍵的實(shí)施。該院是上海交大“985工程”建設(shè)的重要科技創(chuàng)新平臺(tái)之一，是學(xué)校直屬的從事醫(yī)工、醫(yī)理交叉研究的科研教育機(jī)構(gòu)，以推動(dòng)交叉性的、轉(zhuǎn)化性的醫(yī)學(xué)研究為核心目標(biāo)。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之際，在整合Med-X研究院與原生物醫(yī)學(xué)工程系的科研和教學(xué)資源的基礎(chǔ)上，生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院正式成立，形成了六個(gè)重點(diǎn)建設(shè)領(lǐng)域（生物醫(yī)療儀器、神經(jīng)科學(xué)與工程、納米生物材料、醫(yī)學(xué)影像與信息、疾病生物學(xué)和系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)）。

　　2015年以來，借助高峰學(xué)科建設(shè)的契機(jī)，學(xué)院與閔行區(qū)政府共建“醫(yī)療機(jī)器人研究院”，與上海聯(lián)影醫(yī)療科技有限公司共建“醫(yī)學(xué)影像先進(jìn)技術(shù)研究院”，與徐匯區(qū)政府共建“分子與納米醫(yī)學(xué)創(chuàng)新轉(zhuǎn)化中心”，與南通崇川區(qū)政府共建“生物醫(yī)學(xué)工程創(chuàng)新轉(zhuǎn)化基地”。2018年，聚焦學(xué)科領(lǐng)域，成立了醫(yī)學(xué)儀器與智慧診療平臺(tái)和分子與納米醫(yī)學(xué)平臺(tái)，進(jìn)一步凝練形成了“兩院兩平臺(tái)”的學(xué)院新格局。

　　學(xué)院成立了由楊廣中院士、馮大淦院士等國際知名學(xué)者組成的國際學(xué)術(shù)委員會(huì)，以國際標(biāo)準(zhǔn)對(duì)引進(jìn)人員和原有教師進(jìn)行國際化評(píng)估。截至2018年12月31日，學(xué)院共有教職工106人，其中專職教師74人。專職教師中正高級(jí)職務(wù)人員30人，博士學(xué)位教師比例約100%、海外博士學(xué)位或博士后經(jīng)歷教師比例82.4%。學(xué)院現(xiàn)有中國工程院院士1名，中組部“千人計(jì)劃”4名，“青年千人計(jì)劃”4名，上海千人1名，教育部“長(zhǎng)江學(xué)者”1名，青年長(zhǎng)江學(xué)者1名，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者3 名，“973”首席科學(xué)家2名，重大科學(xué)研究計(jì)劃首席科學(xué)家1名，求是杰出青年學(xué)者獎(jiǎng)1名，教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”3名。

　　學(xué)院積極推進(jìn)“學(xué)在生醫(yī)工”人才培養(yǎng)模式改革，提升育人質(zhì)量。本科生教學(xué)堅(jiān)持“學(xué)科交叉、融合創(chuàng)新”，持續(xù)進(jìn)行課程建設(shè)，實(shí)施ABET認(rèn)證、卓越工程師計(jì)劃、本碩博貫通培養(yǎng)等。研究生培養(yǎng)注重課程建設(shè)、學(xué)科交叉和國際化交流，連續(xù)多年舉辦“醫(yī)工交叉博士生論壇”、 “上海交通大學(xué)－瑞典皇家理工”聯(lián)合暑期學(xué)校、“上海交通大學(xué)-瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工”聯(lián)合暑期學(xué)校。實(shí)施全覆蓋的本科生導(dǎo)師制、教授任班主任、創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實(shí)驗(yàn)室等系列人才培養(yǎng)改革，形成了課堂教學(xué)、課外實(shí)踐、創(chuàng)新競(jìng)賽相結(jié)合，專任教師、思政教師、校友全員合力育人的模式，多位教師獲得“十佳”班主任、最受學(xué)生歡迎的教師、凱原十佳教師和科研團(tuán)隊(duì)等榮譽(yù)稱號(hào)。2016年底、2017年初先后歷史性獲得創(chuàng)青春全國大學(xué)生創(chuàng)業(yè)大賽金獎(jiǎng)、市挑戰(zhàn)杯一等獎(jiǎng)等重大獎(jiǎng)項(xiàng)。

　　學(xué)院堅(jiān)持走國際化辦學(xué)道路，與國外多所著名大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)開展廣泛的科研合作與學(xué)術(shù)交流,著力培養(yǎng)具有國際視野和國際競(jìng)爭(zhēng)力的人才。拓展國際化辦學(xué)渠道，先后與海德堡大學(xué)、瑞典皇家理工學(xué)院等7所大學(xué)簽署雙學(xué)位項(xiàng)目，與約翰霍普金斯大學(xué)等6所院校簽署暑期交流項(xiàng)目，本科生海外交流覆蓋率達(dá)50%以上。加強(qiáng)國際科研合作與交流，建成上海交通大學(xué)瑞典文化交流中心，與約翰霍普金斯、加州伯克利、瑞典皇家理工、法國礦業(yè)、德國海德堡、英國帝國理工、澳大利亞悉尼大學(xué)等多所高校和科研機(jī)構(gòu)開展國際科研合作。不斷提升學(xué)院國際學(xué)術(shù)影響力，成功舉辦國際腦卒中高峰會(huì)議、國際治療超聲大會(huì)、IEEE EMBS國際神經(jīng)工程大會(huì)等頂級(jí)國際學(xué)術(shù)會(huì)議。

　　我們的目標(biāo)是：到2020年，初步形成卓越的創(chuàng)新人才成長(zhǎng)體系，學(xué)院成為國際學(xué)術(shù)大師薈萃、優(yōu)秀青年才俊輩出的人才集聚地；初步形成卓越的創(chuàng)新人才培養(yǎng)體系，國家級(jí)教學(xué)成果獎(jiǎng)、規(guī)劃教材、市精品課程取得突破、教書育人蔚然成風(fēng)、“學(xué)在生醫(yī)工”形成特色；初步形成卓越的科技創(chuàng)新與服務(wù)轉(zhuǎn)化體系，產(chǎn)生若干國際公認(rèn)的原創(chuàng)成果，形成若干具有行業(yè)影響力的轉(zhuǎn)化技術(shù)，國家級(jí)科技獎(jiǎng)、基地取得突破；生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科建成全國頂尖學(xué)科，進(jìn)入世界一流行列。

　　到建校150周年，全面實(shí)現(xiàn)建成世界一流學(xué)科、世界一流學(xué)院、培養(yǎng)世界一流人才的歷史性奮斗目標(biāo)，實(shí)現(xiàn)人才培養(yǎng)、科技創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化的多層次突破，為攻克重大疾病難題、服務(wù)創(chuàng)新型國家建設(shè)做出突出貢獻(xiàn)，為民族復(fù)興、國家富強(qiáng)、人類進(jìn)步做出突出貢獻(xiàn)。