農業工程與信息技術領域包括農業（漁業）機械化、農業（漁業）信息化和農業（漁業）設施化三個方向，分別由海洋工程裝備學院、信息工程學院、國家海洋設施養殖工程技術研究中心負責招生和培養。

（1）農業（漁業）機械化

本方向依托浙江省一流學科機械工程、浙江省海洋漁業裝備技術研究重點實驗室等平臺開展研究生教育，學位點是全國農林海洋高校研究生教育水產漁業協作組組長單位和舟山市國家漁業科技裝備創新聯合會副會長單位，擁有30余位指導教師。

本方向主要以漁業設施設備的機械化、自動化、智能化研究、開發與技術推廣為目的，旨在為漁業裝備設計、生產、管理等單位培養高層次復合型應用型人才。主要研究內容有：漁船捕撈機械、水產養殖機械、水產品加工機械、漁業電子儀器等。

本方向由海洋工程裝備學院負責培養，主要招收機械類、電子電氣類、農業工程類、海洋水產類本科畢業生。

（2）農業（漁業）信息化

農業信息化方向依托“浙江省海洋大數據挖掘與應用”重點實驗室、“浙江省海洋電子技術應用創新團隊”和與中科院電工研究所聯合建立的“海洋能綜合利用技術聯合實驗室”以及“智慧海洋”海上綜合試驗平臺、智慧海洋協同創新實驗室、海洋衛星裝備與應用研發實驗室、云計算與大數據創新實驗室、海洋通信實驗室等，以及一批校內外實踐基地開展研究生教育。現有校內碩士生導師26人，其中國家級人才2名，省級人才2名，正高職稱13人，校外導師3人。

本方向主要研究內容有：漁農業大數據綜合利用技術、海洋互聯網應用開發技術、模式識別與智能信息處理、海洋災害檢測與預防技術、海洋通信技術、海上物聯網技術等。

畢業生就業主要面向各類電子信息科技企業、計算機軟件開發公司、互聯網公司、漁業信息技術開發公司、大數據運營公司、云技術開發公司等各類高科技企業，以及通信公司、各種交易所、科技園區、交通等行業管理部門及事業單位。

（3）農業（漁業）設施化

農業（漁業）設施化方向依托“國家海洋設施養殖工程技術研究中心（以下簡稱中心）”，與挪威生命科學大學、日本東京海洋大學、英國思克萊德大學、中國水產科學研究院、中國科學院海洋研究所等國內外知名高校和研究院所開展合作，共同培養具有國際化視野和較強的一線作業技能的專業碩士學位研究生。

中心組建于2011年12月，由國家科技部批準立項建設，下設海洋養殖工程裝備技術研究所、海水養殖技術研究所、養殖環境與病害技術研究所、養殖產品精深開發技術研究所、海洋養殖工程新材料研究所共5個研究所。擁有科研和研發基地建筑總面積12000余平方米，儀器設備總價值5000余萬元。現有研發科技人員115人，其中固定人員75人，流動人員40人。科技人員中正高職稱35人，副高職稱33人，歐亞科學院院士1人，國家千人計劃獲得者1人，中組部專家1人，國務院特殊津貼獲得者3人，高校中青年學科帶頭人10人，浙江省新世紀“151”人才等30余名。本方向面向全國招收有志于在養殖工程裝備、智慧養殖裝備、種質種苗、飼料與營養、魚類養殖生物學、養殖生境保護、養殖病害與健康、養殖水產品加工、水產品冷鏈物流與保鮮、水產品高值化利用、海洋防污損新材料、生物新材料等方向深造的優秀學生，學制3年（特別優秀學生可申請提前畢業）。學生專業背景可涵蓋水利工程類、海洋類、水產類、生物類、環境科學類、食品科學與工程類、機械與自動化類、信息工程類、材料類等廣泛的專業。

中心為國家創新人才培養示范基地，目前依托中心建設的有海洋科學、水產、農業（漁業）設施化等一流學科專業，與挪威生命科學大學、日本東京海洋大學、英國思克萊德大學、中國水產科學研究院、中國科學院海洋研究所等國內外知名高校和研究院所開展合作，共同培養具有國際化視野和較強的一線作業技能的專業碩士學位研究生。